支援母船「よこすか」は、最大潜航深度6500mの能力を持つ世界最高水準の大深度潜水調査船「しんかい6500」の支援母船として深海底の調査を行います。
他にも深海底表層・断層地形や地質構造を解明するための様々な機能を持ち、深海・海溝域の総合的な調査観測研究を行うことができます。
海底で調査する「しんかい6500」と通話するために用いられます。音波を使った水中通話機です。音波は水中で1秒間に約1500m進むので、船上からの声が6500mの海底にいる「しんかい6500」に届くまでには約4秒かかります。
全長9m、幅2m、高さ3mにおよぶ「しんかい6500」を納め、整備も行う格納庫は、船上とは思えない広い空間が確保されています。
後部甲板には、26トン近い「しんかい6500」の船体を海に入れたり揚げたりする着水揚収装置とそれを支える巨大なA字型クレーンが設置されています。
「よこすか」には、総合指令室、ラボラトリー(第1~第3)、及び研究室があり、「しんかい6500」及び母船の観測装置で計測したデータの解析、採取したサンプルの分析、保管のために使用することができます。
また、これら常設の設備のほか、研究者が必要な機器を持ち込み、設置することができます。