（2020/02/12 更新）

• 地球環境部門
• 海洋観測研究センター
• 北極環境変動総合研究センター（IACE）
• 地球表層システム研究センター
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• 大気海洋相互作用研究プログラム
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• 海洋機能利用部門
• 生物地球化学センター
• 生命理工学センター
• 海底資源センター

• 海域地震火山部門
• 地震発生帯研究センター
• 地震津波予測研究開発センター
• 火山・地球内部研究センター

• 付加価値情報創生部門（VAiG）
• 数理科学・先端技術研究開発センター（MAT）
• アプリケーションラボ（APL）
• 情報エンジニアリングプログラム（IEP）
• 地球情報基盤センター（CEIST）
• 国際海洋環境情報センター（GODAC）

• 超先鋭研究開発部門
• 超先鋭研究プログラム
• 超先鋭技術開発プログラム
• 高知コア研究所

• 研究プラットフォーム運用開発部門
• 企画調整部
• 技術開発部
• 運用部
• マントル掘削プロモーション室

• プロジェクトチーム
• 革新的深海資源調査技術管理調整プロジェクトチーム

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